Güncellenen üçüncü nesil Ibiza, 2006’dan 2008’e kadar yapıldı. 2006’da hem iç hem de dış kısımda küçük kozmetik değişiklikler yapıldı, ancak bunun dışında model orijinal modele çok benziyor. Ayrıca yeni trim seviyeleri (Reference, Stylance, Freerider, Sportrider, Sport, DAB Sport (2006 sınırlı sayıda), Formula Sport (2007 sınırlı sayıda), FR ve Cupra ve artırılmış güce sahip motorlar (1.2 12v ve 1.4 16v) ve yeni bir 1.4 litre Turboşarjlı Doğrudan Enjeksiyon (TDI) dizel versiyonu.FR ve Cupra R TDI versiyonları 1.9 litrelik Pumpe-Düse dizel motor kullanır Sırasıyla 130 PS (96 kW; 128 bhp) ve 160 PS (118 kW; 158 bhp). Üst benzinli versiyonlar, FR modeli için 150 PS (110KW; 148bhp) ve 180 PS (180 PS) ile 1.8 litrelik 20v turbo motor kullanıyor ( 132KW; 178 bhp) Cupra R modeli için. Ibiza Cupra R TDI ve Cupra R 1.8T versiyonları, markanın en iyi modelleri, fwd hot hatch segmentindeki rakiplerle rekabet etmek için yapılmış hot hatch’lerdir. Ibiza Cupra R.’nin baskıları, siyah boyalı yan aynalar ve kapı panellerindeki Nürburgring yazısı ile ayırt edilen Nürburgring Edition (2006-2007), ikincisi ise yeni iç logo ile öne çıkan Last Edition (sadece 2008). ön koltuklar ve vites topuzu.